遗传基因缺陷大多数早期是由于胎儿引起的，这种情况下胚胎多数都发生不可避免的流产，极少数能发育成胎儿，甚至出生后可存活，但这些胎儿常伴有多发异常。外界不良因素如放射线、有毒化学物等外界不良因素，可使生殖细胞的基因受损害，受孕后，胚胎不能正常发育或发生胎盘绒毛异常，不能正常供应胚胎营养，从而可能发生流产。
父方因素医学研究已证明，无症状的菌精症可导致。10%～15%的男性生殖道内存在着无症状的，即精液中含有一定量的细菌，这种感染可以传给受孕妇女，使胚胎流产。血型不合母儿血型不合，如出现ABO血型不合或Rh血型不合，可能会引发流产。
母方因素如母体，则孕卵发育受限，导致胚胎死亡。
感染孕妇在孕期发生急性传染病，病原体或毒素可通过胎盘使胎儿患病导致死亡。孕妇在孕期感染生殖道炎症，也会诱发流产。
生殖器官畸形孕妇患有、子宫颈口松弛等病症，胎儿会因子宫内压力异常而发生流产。
其他母体全身性疾病、过度精神刺激、外伤等，均可导致流产。
