纯牛奶富含钙质，这是其重要的营养价值之一。有些食物含有草酸，草酸与钙结合会形成难以消化和吸收的草酸钙，从而降低牛奶的营养价值。比如菠菜、韭菜、甜菜、芹菜等绿叶蔬菜都含有一定的草酸。
纯牛奶含有丰富的蛋白质，其中80%是酪蛋白。若与果汁中的植物酸结合，会导致酪蛋白凝结沉淀。煮新鲜牛奶时，赖氨酸还会在加热条件下与果糖反应，生成有毒的果糖基赖氨酸，对人体健康造成威胁。建议在煮牛奶后加糖，避免在煮的过程中添加糖分。
有些人习惯用牛奶代替开水服药，这是不推荐的。牛奶会在药物表面形成覆盖膜，牛奶中的钙、镁等矿物质还会与药物发生化学反应，形成非水溶性物质，从而影响药效的释放和吸收。
牛奶富含蛋白质和钙，而茶叶中的单宁酸会与蛋白质反应产生不溶性复合物，过多摄入可能导致胃石。单宁酸与钙的反应也会降低牛奶的营养价值。
牛奶和巧克力也不宜同时食用。牛奶中的蛋白质和巧克力中的草酸结合会形成不溶性的草酸钙，影响钙的吸收，甚至可能导致头发干燥、腹泻以及生长迟缓等问题。
对于婴儿食品来说，米汤、米汁和纯牛奶都是常见的选择。米汁和纯牛奶不宜同时食用，因为它们会损害食物中的维生素A。如果经常这样喂食婴儿，会导致维生素A缺乏。建议喂养时间间隔至少2小时。
虽然纯牛奶具有很高的营养价值，但在食用过程中需要注意与某些食物的搭配，以确保人体能够充分吸收其营养。
