迄今为止，关于周期性动眼神经麻痹的病因及其损伤部位仍然是笼罩在一片迷雾之中。各种假说如雨后春笋般涌现，众说纷纭。Salus推测，这一病症可能与先天性异常有关，涉及到动眼神经核和周期性运动中心，比如呼吸或血管运动中心。这一理论尚未经过尸检的证实。
在医学领域中，也有学者如Axenfeld-Schurenberg提出了一种观点，他们认为周期性动眼神经麻痹可能是由于动眼神经核的周期性血管痉挛引起的。Kubik则进一步提出，周期性运动可能是由残余神经核出血、先天性血和先天性动眼神经麻痹共同引发的结果。
Duke-Elder则提出了另一种理论，他认为动眼神经眼肌麻痹与周期性痉挛之间存在某种关联。一些神经节细胞异常兴奋可能是发育障碍或变性的表现。某些帮助肌肉参与周期性痉挛的神经节细胞也保持异常兴奋状态。他还认为，这种痉挛的原因可能是交感神经抑制纤维从视交叉到括约肌之间的不完全障碍。也就是说，除了神经核损伤之外，还存在与锥体外部症状相对应的基底神经节平面的核损伤。
Lowenstein和Givner的研究则表明，瞳孔括约肌并未出现麻痹现象。尽管在两项研究中都没有发现对光反应，但在缩瞳和试验中却观察到了明显的反应。这些研究为我们揭示了周期性动眼神经麻痹的一些可能机制，尽管具体的病因和治疗方法仍然需要进一步的研究和探索。
医学界对于周期性动眼神经麻痹的病因和发病机制尚未完全明确，各种理论都在不断的探讨和验证之中。随着科学技术的进步和研究的深入，相信我们终将揭开这一病症的神秘面纱。
