发生子宫内膜异位以后，要根据患者的症状来进行治疗。由于这样的患者大都会出现月经来的时候，小肚子的疼痛，以及不孕症的发生，所以在临床上最主要的是要缓解患者的疼痛，这个时候可以用性激素抑制治疗，第一次接触的环境，阻止子宫内膜异位症的生长，异位的内膜萎缩，退化，坏死，从而达到治疗的目的。
在临床上可以用口服避孕药或者是高效的孕激素以及雄激素的衍生物等等这样的一些药物来进行治疗。口服避孕药它主要是能够降低垂体促性腺激素的水平，抑制排卵，从而直接作用于子宫内膜和异位的内膜，导致内膜的萎缩。长期服用以后，可以造成类似怀孕的人工闭经，所以称之为假孕疗法。另外如果子宫内膜异位形成了囊肿，而且比较大，这种情况下就需要手术治疗。
