阿米巴结肠炎的治疗原则在于彻底消除症状和传染性，以实现对患者的全面治愈并消除传染源。历史上有依米丁和喹碘联合疗法的应用，而近十年来，临床实践中出现了许多疗效更佳、毒性更低的新药。
在抗阿米巴药物的应用方面，甲硝唑因其对阿米巴滋养体和包囊的有效作用、较小的毒性，已经被广泛应用在国内外。为了确保治疗效果，建议每日服用3次，每次mg，持续5至10天。根据临床数据显示，按照此剂量服用，治愈率可达90%。有些患者治疗效果不佳，可能与剂量过小有关，导致肠腔内药物浓度不足。
除此之外，替硝唑也是另一种有效的抗阿米巴药物。它能杀灭阿米巴滋养体，对包囊也有一定的作用。服用方法是每日两次，每次g，持续3至5天，治愈率同样可以达到90%。常见的副作用包括腹部不适、恶心、呕吐、便秘或腹泻等，但发病率低且症状较轻。更重要的是，它对心脏、肝脏、肾脏和血液没有不良影响。
二氯尼特对肠道的滋养体和包囊也有很好的治疗效果。服用方法是每日一次，每次mg，持续10天，治愈率达到80%。副作用主要表现为肠胃胀气，但并不具有毒性。
至于氯苯草酰胺，它口服后不吸收，杀虫效果优于甲硝唑。但目前关于其临床应用的报道并不多，按mg/kg的剂量服用，治愈率可达80%。
除了药物治疗外，患者还需要注意休息、饮食流质，且不能输液。这些都是对症治疗和支持治疗的重要环节。遵循这些治疗原则和建议，阿米巴结肠炎患者能够更快地恢复健康。对于患者来说，保持良好的生活习惯和饮食习惯也是预防复发的关键。
