手术治疗是针对颅裂病症的重要措施。目标在于切除膨出的囊，重置或摘除囊内物质，并封闭硬脑膜的缺损。通常，手术应在婴儿出生后的6至12个月内进行。对于那些囊壁脆弱、有破裂风险的情况，应立即安排手术。若伴随脑积水，需首先进行脑脊液分流，随后再进行修复手术。
对于单纯隐性颅裂，若无明显症状，通常无需治疗。但如果出现膨出，则必须手术治疗。手术的最佳时间是在婴儿出生后6至12个月。手术过程中，医生将切除膨出的囊及其内容物，并修复不同层次的裂缝。有时，可能需要进行二次整形手术。如果脑组织大量突出且囊肿巨大，则不宜进行手术。一旦囊壁破裂但未引发脑膜炎，应立即进行紧急手术。
对于巨型脑膜扩张或脑膜膨胀伴随神经系统症状、智力低下以及明显的脑积水情况，由于手术无法改善畸形和智力问题，因此不建议手术治疗。在此情况下，可以在婴儿出生后6至12个月内，切除多余的脑组织和修复颅骨缺损。修复过程中，可使用骨膜翻转缝合技术，同时避免过度切除皮肤，以确保缝合时的张力控制。
当脑积水合并时，首先解决脑积水问题。鼻根肿胀的病例，可在1岁后通过颅内入路的方式进行手术。手术前，会用有机玻璃片或钛片填充颅骨缺损，然后用筋膜片缝合固定。如有必要，可以对鼻根皮肤进行二次整形手术。眶肿胀的病例可以通过颞下入路进行修复。
除上述手术治疗外，预防感染和对症治疗也是关键。通过综合的治疗措施，最大限度地保障患者的康复和预后。在这个过程中，家属的关心与配合也是至关重要的。
