消化道重复畸形的多样性与复杂性，体现在其涉及的部位、形状、体积以及可能伴随的并发症上。其临床症状因这些因素而异，从婴儿期到任何年龄段，都可能显现相关症状。
对于胸部消化道重复畸形，病情较为严重。畸形部位可能压迫呼吸道，导致呼吸窘迫；若压迫食管，则引发梗阻症状。更为严重的是，当腔内有胃粘膜时，相邻的食管和肺组织可能因胃酸和消化酶的腐蚀而发炎，甚至可能出现穿孔、出血，表现为呕血、便血或脓胸等危急症状。
在胃部的重复畸形中，患者常感上腹部饱满，伴随呕吐，呕吐物中不含胆汁。右上腹肋缘位置可触及到囊肿。
回肠重复畸形则可能表现为大球形囊肿压迫肠道，引起肠梗阻。腹部可触及到的圆形或椭圆形囊肿光滑且有一定活动度。随着囊积液的增加，囊壁会出现疼痛和压痛。小球形囊肿则常导致肠套叠。部分重复畸形甚至可能导致肠扭转、肠坏死等严重病症。当胃粘膜衬里时，可能产生溃疡、呕吐血或便血。溃疡穿孔时，还会出现腹膜炎的症状。
结肠重复畸形的临床症状相对较轻。但若是压迫肠道，也可能引起低位肠梗阻症状。伴随出血时，则可见鲜红色血便。结肠重复畸形常伴随其他生殖泌尿系统的畸形，如输尿管、膀胱、阴道、尿道、直肠肛门等部位的畸形。
直肠重复畸形的早期症状主要为排便困难。在排便过程中，若有肿块从直肠突出，尤其是直肠球状重复畸形，其特征更为明显。直肠指检时，可触及直肠后的囊性肿块。每一种消化道重复畸形都有其独特的症状表现，深入理解并准确诊断是有效治疗的前提。
