对于炎性肠病性关节炎伴随巩膜炎的患者，他们的循环淋巴细胞缺乏明确的原因，这可能与特发性慢性炎性肠病（IBD）的发病机制有关。这两种疾病都与免疫异常密切相关，被归类为自身免疫性疾病。尽管对于感染、神经和精神因素在其中的作用尚不确定，但它们可能在疾病的发生发展中起到一定的作用。
对于IBD的认识，普遍观点认为存在一种“免疫负调节”现象。这种现象可能影响胃肠道区分外部和自身抗原的能力，或者影响胃肠粘膜免疫反应出现障碍。研究表明，患者血清中存在抗结肠抗体，这些抗体对自体和同类结肠上皮细胞产生反应。大约一半的患者血清中还含有抗大肠抗体或循环免疫复合物（CIC）。当患者的耐受性降低时，这些物质可能导致结肠粘膜损伤。患者循环的淋巴细胞对自体或同一胎儿结肠上皮具有细胞毒性，能激活K细胞释放淋巴因子，发挥杀伤作用。
对于这两种疾病的临床表现，它们与肠传染病类似，具有某些病理变化，但尚未发现明确的病原体。虽然有人提出神经精神因素可能与IBD有关，但现有的临床资料并未显示精神异常或创伤史的患者比普通人更常见。值得注意的是，糖皮质激素可以缓解炎性肠病性关节炎和巩膜炎的病情，这进一步支持了这两种疾病与自身免疫反应有关的观点。
炎性肠病性关节炎伴随巩膜炎的患者的情况复杂，涉及多种因素。在深入研究其发病机制的针对患者的具体情况进行个体化的治疗至关重要。
