第二次超级机器人大战α
本游戏是超级机器人大战α、～α外传的续篇，时间设定在《α外传》的几个月之後，而游戏登场的作品除了包括无敌铁金刚、大魔神、盖塔、盖塔G、真盖塔机器人（原作漫画版）、无敌钢人泰坦3、机动战士高达0083、机动战士Z高达、机动战士高达ZZ、机动战士高达F91、新机动战记高达W、超电磁机器人、超电磁魔神、斗将戴摩斯、大空魔龙金刚战神、BANPRESTO原创角色机（包括主角机）、战国魔神钢将军等玩家熟悉的作品，还有机动战士CROSSBONE高达、勇者王我王凯牙、BRAIN POWERD、钢铁杰克等在内的新作品登场，全部数量多达20多部以上。玩家将能组成最强的机器人军团。
故事背景
新西历188年。
第二次超级机器人大战α
为了弥补上次大战（『超级机器人大战α』、『超级机器人大战α外传』）所留下的疮痍，地球圈正在进行着复兴的工作。
泰坦斯瓦解之后的联邦军，为了对抗异星侵略者以及潜伏在地底的敌对势力，开始了组织重建及军备增强的工作。
地球侧，"大空魔龙队"结成，不少超级机器人加入其中。
，直属联邦政府的秘密防卫组织"GGG"也做完了准备，开始正式活动。
宇宙方面则是由朗德·贝尔对以卫星殖民地·隆迪尼奥为本处地；从新吉恩残党和死亡先锋开始针对反地球联邦势力的调查工作。
再有，与在火星上推进"行星地球化计划"的，以"Preventer"为中心、开始建设作为对外星人作战的桥头堡的军事基地。
就这样，地球圈的人们不再把人流网希望寄托在短暂的和平上，而开始着眼于不断巩固用于对抗来自天外和地中侵略者的手段。
，人们也预感到了任谁也无法逃避的战乱，其序幕即将拉开。
