菠萝朊酶是菠萝内含有的一种有机的胶状物质，由蛋白质组成，对于生物化学变化起催化作用，人食用后会有过敏现象,如口麻、腹痛、头晕等症。盐水能有效溶解朊酶，所以一般食用菠萝前要放入盐水中浸泡。
菠萝蛋白酶又称菠萝酶。由菠萝汁、皮等提取的巯基蛋白酶。浅黄色无定形粉末，微有特异臭。分子量33000。对酪蛋白、血红蛋白、BAEE的最适pH值是6～8，对明胶是pH值5.0。酶活性受重金属抑制。略溶于水，不溶于乙醇、丙酮、氯仿和乙醚。它优先水解碱性氨基酸(例如精氨酸)或芳香族氨基酸(例如苯丙氨酸、酪氨酸)的羧基侧上的肽链，选择性水解纤维蛋白，可分解肌纤维，而对纤维蛋白原作用微弱。可用于啤酒澄清、药用助消化和抗炎消肿。
