一般情况，大部分人做肠镜并不会痛。不过就算痛，15分钟也就检查完了，不必紧张。
做肠镜时，受检者肛门会先涂抹润滑剂，然后将电子肠镜插入，推送至盲肠处，并争取进入小肠末段。
一般情况下，为了便于进镜或看清肠腔的黏膜形态，可能会向肠腔内注入少量空气以扩张或暴露肠腔，会有腹胀感，但不会痛。
特殊情况的话，是有可能造成疼痛，这主要看受检者之前有无腹部手术史。若有的话，可能存在大肠弯曲过大或受检者本身大肠弯曲过大的情况，在肠镜通过时，可能出现胀痛。
有些受检者会出现迷走神经兴奋，迷走神经兴奋就会觉得心慌、无力、血压下降，虽然也有不适感觉，但痛苦并不大。
实际上，大概有1/3左右的受检者做肠镜是会有痛感，主要是肠镜管体对肠造成的牵拉痛。通常，只有肠局部溃疡或糜烂的受检者，肠镜检查时的痛感比较明显。
也可以选择无痛肠镜，无痛肠镜检查没有痛苦，不过伴随着出血和穿孔的风险，，仅针对肠道已经有损伤的患者。这是因为操作医师失去了受检者的疼痛反馈，这方面风险是存在的。
，做肠镜一定要到正规医院去做。主操医师资历越高，经验越丰富，安全系数就越大。
实际上，如果要做病理活检，有些病变下面的血管非常丰富，或病变本身的局部凝血功能不好，取完病理标本后非常容易出血不止，这是最主要的危险。疼痛的问题是小事，不用担心。
黏膜侧观察肠道病变，几乎可以满足全部结肠区域的检查需求，所以，肠镜的意义非同小可。紧张怕疼，能免于做肠镜吗？真的不做，你的肠道疾病怎么检查？
故而，患者应端正心态。就算做肠镜有些许不适，但由于此项目太重要又无可替代，该做还是要做的。
