黄瓜容易发生病毒病、细菌性病害、霜霉病、根腐病，应在黄瓜生长中及时采取防病措施。
1、定植前土壤消毒，预防土传病害。黄瓜需肥量大，在定植前应结合每亩施10-15方鸡粪进行高温闷棚处理，以杀灭土壤中的病菌，是鸡粪充分腐熟。在定植前2天，棚室要加大通风，防治棚内有害气体危害黄瓜苗。定植时穴施生物菌肥，以菌抑菌，防止黄瓜根部病害的发生，定植后及时喷施新高脂膜800倍液有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，缩短缓苗期，使植株健康成长。
2、定植后分时期适时用药防治病害。，黄瓜在定植后的4-5天，常发生根腐病和蔓枯病，应在定植后3-4天黄瓜缓苗后及时用药灌根，预防根部病害发生，并适时喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化，加大根部营养吸收能力，提高植株抗病能力，在黄瓜开花结果期喷施壮瓜蒂灵能使瓜蒂增粗，强化营养定向输送量，促进瓜体快速发育，瓜型漂亮，汁多味美。
3、黄瓜茎蔓长至1米左右时，易发生细菌性缘枯病（烂头顶），可及时用琥胶肥酸铜加农用链霉素加新高脂膜800倍液喷雾预防。需要注意的是，对于细菌性缘枯病很多菜农误认为是黑星病，从而喷施大量肥氟硅唑等唑类药剂，结果导致黄瓜出现药害。
4、及时防治病毒病、霜霉病，病毒病、霜霉病是黄瓜定植后常发生的病害，可在定植10-15天后，用霜霉威盐酸盐加新高脂膜喷雾预防一次；发病后及时用双脲-锰锌加农用链霉素等药剂防治，并喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果
