中国绿色食品发展中心在年度监管工作中，对发现的问题和来自生产者、经营者及消费者的举报，指定相关的绿色食品办公室进行核实，及时通知各级监管机构进行查处。査处方式主要为以下几种方式限期整改。
中心对于企业年度抽检中存在用标不规范、生产环境与管理制度不能满足绿色食品生产要求、产品年度抽检中产品标签及部分感官指标不符合要求的，将对企业做出限期整改的要求。 企业在要求的期限内完成整改，并由中心指定的绿色食品办公室进行验收,合格的继续使用标志，不合格的通报取消绿色食品标志使用权，并予以公告。
取消标志使用权。中心对于企业年度抽检中存在使用违规投入品(如在蔬菜果品生
产中使用禁用农药、肥料，在畜牧业生产中使用禁用兽药及饲料添加剂等）、产品年度抽检中卫生指标(如农兽药残留、重金属、添加剂、黄曲霉、亚硝酸盐、微生物等有害物）不合格的产品，中心取消该产品的绿色食品标志使用权，并通报生产企业及相关绿色食品办公室，并予以公告。
协商工商管理部门等相关部门进行查处。中心在绿色食品监管工作中，发现确有假冒绿色食品标志的情况，将通报相关绿色食品办公室，要求其协助当地工商管理部门进行査处，并将査处结果上报中心。
