辣椒原产于南美热带地区，对低温敏感，冷害温度8℃，低于9℃时易受冷害，一般贮藏温度为8~12℃，但高于13℃时又会加速腐烂。通常情况下，辣椒的冷库贮藏适温为9℃~12℃，相对湿度保持在85%～95%。夏季，辣椒的贮藏适温为10℃~12℃，秋季的贮藏适温为9~11℃。采用双温（两段温度）贮藏，将会使辣椒贮藏期大大延长。消除乙烯是辣椒贮藏保鲜的重要工作。因辣椒对乙烯很敏感，乙烯能够刺激其转红成熟。
辣椒冷库在使用时应格外注意以下几点消毒冷库进货前要严格消毒，可用甲醛、过氧乙酸、漂白粉等熏蒸、喷洒等进行消毒。预冷、挑烂入库前一定要把已经有变质及变质倾向的果实挑出；预冷要迅速、彻底。防霉贮藏期间要注意防霉，发现霉变现象，应及时通风，并用保鲜烟雾剂熏杀。辣椒的气调贮藏目前，国内外多采用PVC或PE塑料小包装进行气调冷藏。辣椒气调贮藏的气体指标一般为氧气2％~7％，二氧化碳1％~2％。包装内过高的二氧化碳积累会造成萼片褐变和果实腐烂。若贮藏中二氧化碳浓度往往偏高，需用二氧化碳吸收剂降低其浓度。
