女性生殖器疱疹的呈现方式令人难以忽视。患者在感染初期可能会出现低热、寒颤、腹痛等预兆性症状，且可能伴随厌恶感。腹股沟淋巴结会肿大，宫颈炎和子宫炎也可能同时发生。随着病毒的发展，当感染蔓延至尿道和膀胱粘膜时，排尿困难、尿频、尿痛以及严重的尿潴留等问题便会接踵而至。除此之外，还可能伴有发热、全身不适、头痛、颈部强直等全身症状。
HSV-1与HSV-2的感染也与此息息相关。原发性生殖器疱疹的感染者通常为HSV-1型，经历一段停止期后，可能复发为HSV-2型，形成周期性复发。每次发生的病程虽然短暂，但发烧、月经、创伤、酗酒等因素都会导致其加速复发。HSV-1主要引发口唇疱疹、咽炎、角膜结膜炎和散发性脑炎，而HSV-2感染则主要导致生殖器疱疹。
HSV-1感染主要发生在皮肤粘膜交界处，如口角、唇缘和鼻孔。感染处会有灼烧感和轻微紧张感，偶尔伴有神经痛。随后出现红斑，逐渐转化为簇状丘疹，最终变成水泡。水泡破裂后，出现溃烂表面，几天后会结痂。整个过程可能伴随全身表现，如盲目灼烧、瘙痒、疲劳、不适和轻微发热等，需要约1-2周的时间来愈合。
而对于HSV-2感染，则主要发生在生殖器部位。患者会感到灼热感，随后在红斑基础上迅速出现成群的小水泡。男性主要出现在包皮、龟头、冠状沟和阴茎等部位，女性则多见于阴唇、阴蒂、阴道和宫颈。水泡可能逐渐变成脓疱，大约6天后破裂，形成溃疡或浅溃疡。这可能导致患者发生尿道炎，排尿困难，并可能伴有发烧、肌肉疼痛和脑膜炎等症状。如果在女性宫颈发生感染，可能会导致溃疡坏死、阴道分泌物增多和下腹痛，甚至可能引发宫颈癌。而在怀孕期间，生殖器疱疹可能导致流产、早产或死产，并可能引起新生儿感染。
男性生殖器疱疹的表现也颇为明显，主要出现在龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊以及大腿和手臂。大多数男性患者双侧腹股沟淋巴结会肿大。其临床表现可分为原发性和复发性两种。原发性是指首次感染病毒，通常在接触病毒后约2至10天内发病。感染部位会有烘焙感，随后出现红色丘疹和水泡，最终可能形成大面积溃疡和疼痛。整个过程大约需要20天的时间。当炎症扩散到尿道和膀胱时，可能会出现排尿困难和其他全身症状。
